01

长链非编码RNA URB1-Antisense RNA 1（AS1）通过驱动铁蛋白相分离抑制索拉非尼诱导的肝细胞癌铁死亡

 

发表期刊：ACS Nano

影响因子：17.1

发表时间：2023年11月15日

 

索拉非尼是治疗晚期肝细胞癌（HCC）的一线分子靶向药物，已被证明是HCC的有效铁死亡诱导剂。然而，研究发现索拉非尼耐药HCC样本的铁死亡水平低于索拉非尼敏感的HCC样本，这表明HCC中的索拉非尼耐药可能是铁死亡抑制的结果。最近的报道表明，长链非编码RNAs（lncRNAs）参与程序性细胞死亡（PCD），包括细胞凋亡和铁死亡。本研究旨在探讨lncRNAs在索拉非尼诱导的HCC细胞铁死亡中的作用和潜在的分子机制。使用lncRNA测序，本研究鉴定了一种与铁死亡相关的lncRNA，即URB1-antisense RNA 1（AS1），它在索拉非尼耐药的HCC样本中高表达，并预测HCC的生存率低。此外，URB1-AS1通过诱导铁蛋白相分离和降低细胞游离铁含量来减轻索拉非尼诱导的铁死亡。缺氧诱导因子（HIF）-1α被确定为是促进索拉非尼耐药HCC细胞中URB1-AS1表达的关键因子。值得注意的是，本研究发现，在体内肿瘤模型中，用N-乙酰半乳糖胺（GalNAc）-小干扰（si）特异性抑制URB1-AS1的表达成功增强了HCC细胞对索拉非尼的敏感性。本研究揭示了URB1-AS1在抑制铁死亡中的关键作用，表明URB1-AS1靶向可能代表了克服HCC中索拉非尼耐药性的潜在方法。

 

Fig1. 研究模型示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37966480/

 

02

由lncRNA NEAT1结构域指定的壳蛋白组成决定了paraspeckles作为不同的无膜细胞器的形成

 

发表期刊：Nat Cell Biol

影响因子：21.3

发表时间：2023年11月6日

 

许多通过相分离形成的无膜细胞器（MLOs）在各种细胞过程中发挥着至关重要的作用。尽管这些MLOs在细胞中共存，但它们如何在没有合并或吞噬的情况下保持独立性在很大程度上仍然未知。本研究探索了由NEAT1_2长链非编码RNA支撑的具有核壳结构的paraspeckles作为不同的MLOs存在的分子机制。研究人员鉴定了NEAT1缺失突变体，其组装了并入核斑点的paraspeckles。一些paraspeckle蛋白，包括SFPQ、HNRNPF和BRG1，可以阻止这种并入，从而有助于paraspeckle与核斑点的分离。这些蛋白质在paraspeckles中的壳定位是由NEAT1_2长链非编码RNA结构域决定的，这是这种分离过程所必需的。相反，U2相关剪接体蛋白参与了将paraspeckles内化为核斑点的过程。这项研究表明，paraspeckle壳的组成决定了细胞核中MLOs的独立性，从而揭示了壳在定义MLOs的特征和功能方面的重要性。

 

Fig2. 研究模型示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37932453/

 

03

 

发表期刊：Adv Sci (Weinh)

影响因子：15.1

发表时间：2023年11月8日

 

脂质代谢重编程作为癌症的新标志之一，近年来引起人们的广泛关注和研究。癌症中的脂质代谢重编程通过产生ATP、生物合成大分子和维持适当的氧化还原状态来支持癌发生、进展、远端转移和化疗耐药。值得注意的是，越来越多的证据证实，脂质代谢重编程受到癌症中失调的非编码RNAs的控制，尤其是lncRNAs和circRNAs。这篇综述重点介绍了目前关于参与癌症脂质代谢重编程的异常表达的lncRNAs和circRNAs的研究结果。重点放在脂质代谢重编程和相关机制中的调控靶点，包括通过脂质代谢调节与癌症的临床相关性。这些见解对于为患有脂质代谢重编程的癌症患者确定新的治疗诊断靶点和治疗策略至关重要。

 

Fig3. lncRNAs和circRNAs在调节癌症脂质代谢转录因子和致癌信号通路中的作用

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37939296/

 

 

04

EVLncRNAs 3.0：一个通过低通量实验验证的可用于手动整理功能性长链非编码RNAs的更新综合数据库
 

发表期刊：Nucleic Acids Res

影响因子：14.9

发表时间：2023年11月11日

 

长链非编码RNAs (lncRNAs)已成为多种生物过程和疾病的关键调节因子。虽然高通量测序已经使lncRNA的发现成为可能，但功能表征仍然有限。EVLncRNAs数据库是第一个也是wei一的存储库，包含来自不同物种的所有经过实验验证的功能性lncRNAs。继2018年和2021年之前的版本之后，本次更新标志着从2020年5月15日到2023年5月15日期间对近25,000篇出版物进行详尽的手动管理的重大扩展。它包含了所有类别的大幅增长：功能性lncRNAs增加了154%，相关疾病增加160%，lncRNA-疾病关联增加186%，相互作用增加235%，结构增加138%，环状RNAs增加234%，耐药性lncRNAs增加235%，外泌体lncRNAs增加4724%。更重要的是，它纳入了额外的信息，包括功能分类、详细的相互作用途径、同源lncRNAs、lncRNA位置、COVID-19、相分离和类器官相关lncRNAs。Web界面在浏览、可视化和搜索方面得到了实质性改进。ChatGPT已针对信息提取和功能概述进行了测试，并指出了其局限性。EVLncRNA 3.0代表了经过实验验证的功能性lncRNAs的最广泛的资源，并将成为揭示新兴lncRNA功能不可或缺的平台。更新后的数据库可在https://www.sdklab-biophysicals-dzu.net/EVLncRNAs3/上免费获取。

 

Fig4. EVLncRNAs 3.0数据库主要内容

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37953349/

 

05

 

发表期刊：J Am Soc Nephrol

影响因子：13.6

发表时间：2023年11月13日

 

背景：常染色体显性多囊肾病（ADPKD）是一种以肾囊肿形成为特征的单基因疾病，主要由PKD1和PKD2两个基因突变引起。

 

结果：Hoxb3os-null小鼠是可存活的并且肾脏形态大体正常，但表现出mTOR/Akt信号激活以及随后肾细胞增殖的增加。为了确定Hoxb3os在囊肿发生中的作用，研究人员将Hoxb3os-null小鼠与两种直系同源Pkd1小鼠模型杂交：Pkhd1/Cre；Pkd1F/F（囊肿快速进展）和 Pkd1RC/RC（囊肿缓慢进展）。Hoxb3os的缺失加剧了两种模型中的囊肿生长。为了深入了解Hoxb3os抑制促进囊肿发生的机制，研究人员对Pkd1单敲除(SKO)和Pkd1-Hoxb3os双敲除(DKO)小鼠之间的mTOR/Akt通路进行了western blot分析。与SKO相比，DKO小鼠的总Rictor和磷酸化Rictor水平均有所提高。这伴随着Akt Ser473（已知的mTORC2效应位点）磷酸化的增加。从生理学角度来看，DKO小鼠肾脏的细胞增殖和囊肿数量增加了50-60%。

 

结论：本研究结果表明，小鼠PKD中Hoxb3os的缺失会加剧囊肿发生并使mTORC2失调。

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37953472/

 

06

 

发表期刊：J Exp Clin Cancer Res

影响因子：11.3

发表时间：2023年11月10日

 

背景：据报道，长链非编码RNAs（lncRNAs）在癌症的发生和进展中发挥着至关重要的作用。然而，它们在非小细胞肺癌（NSCLC）中的生物学意义和功能机制大多尚不清楚。

 

结果：本研究的大型NSCLC队列验证了lncRNA AC016727.1在94个配对的NSCLC组织中表达上调，并且与较差的生存率相关。功能上，lncRNA AC016727.1下调抑制了NSCLC细胞增殖、有氧糖酵解、EMT和迁移，诱导细胞凋亡。相反，lncRNA AC016727.1表达上调表现出相反的效果，促进NSCLC细胞存活。重要的是，在裸鼠模型中，lncRNA AC016727.1敲低可抑制肺癌生长并减缓肺转移的进展。机制上，lncRNA AC016727.1通过充当miR-98-5p的海绵来上调BACH1靶基因表达，从而充当竞争性内源性RNA。在NSCLC细胞中，lncRNA AC016727.1的功能由miR-98-5p/BACH1轴介导。同时，转录因子HIF-1α可以与启动子结合并激活lncRNA AC016727.1转录。lncRNA AC016727.1在NSCLC中通过BACH1调节HIF-1α的表达，并在缺氧条件下形成lncRNA AC016727.1/BACH1/HIF-1α信号环路。

 

结论：本研究揭示了缺氧条件下NSCLC进展中一个新的lncRNA AC016727.1/BACH1/HIF-1α信号环路，表明lncRNA AC016727.1可以作为NSCLC的有用生物标志物和新的治疗靶点。

 

Fig5. lncRNA AC016727.1/BACH1/HIF-1 α信号环路促进NSCLC进展的机制示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37946265/