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Nature子刊丨可被HBx降解的circRNA cFAM210A通过抑制YBX1反式激活来抑制HCC肿瘤发生
人阅读 发布时间:2023-11-21 11:15
据报道,乙型肝炎蛋白x(HBx)可促进乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌(HCC)的肿瘤发生,但其机制有待进一步研究。近日,Experimental & Molecular Medicine期刊(IF12.8)在线发表了一篇题为Circular RNA cFAM210A, degradable by HBx, inhibits HCC tumorigenesis by suppressing YBX1 transactivation的研究论文。报道了一个可被HBx沉默的circRNA cFAM210A,揭示了circRNA在HBx诱导的肝癌发生中的重要作用,并确定了cFAM210A是预防和治疗HBV相关HCC的潜在靶点。
首先,研究人员使用表达HBx的慢病毒在四种人HCC细胞系(Hep3B、HepG2、Huh7和MHCC97H)中过表达HBx蛋白。然后,进行了全转录组测序,并在HBx过表达(HBx-oe)和NC HepG2细胞中鉴定差异表达的circRNAs。结果鉴定了14个差异表达的circRNAs(8个上调,6个下调),其中cFAM210A在4种HCC细胞系中的表达变化最为明显。因此,研究人员假设cFAM210A是HBx的主要靶点。
Fig1. HBx调节的circRNAs的筛选和鉴定
进一步的研究显示,cFAM210A是由FAM210A基因NM_001098801转录本的第三个外显子通过反向剪接获得,其长度为501个核苷酸。qRT‒PCR检测发现,cFAM210A在HCC组织中的表达低于ANL(邻近非癌肝脏)组织,表明cFAM210A具有抗肿瘤作用。重要的是,cFAM210A在HBV相关ANL组织中的表达低于健康组织,表明cFAM210A可能因HBV感染而下调。此外,cFAM210A在ANL组织中的表达与HBx水平呈负相关。Kaplan‒Meier生存分析显示,cFAM210A-low组的晚期无复发生存率较差。以上结果表明,cFAM210A表达与HBV相关HCC患者的肿瘤发生呈负相关。
Fig2. cFAM210A表达的临床意义
接下来,研究人员探索了HBx是否会影响cFAM210A的生物发生或降解。结果显示,HBx不会影响cFAM210A的生物发生,但在ActinomycinD阻断cFAM210A的生物发生后,HBx过表达导致cFAM210A表达显著下调,表明HBx可以促进cFAM210A的降解。随后的实验结果显示,cFAM210A被m6A修饰,HBx过表达后其相对m6A水平升高,并且m6A位点50是cFAM210A的关键m6A位点。表明HBx可以通过提高m6A位点50的m6A水平来促进cFAM210A的降解。重要的是,cFAM210A可以被YTHDF2富集,并且在敲低YTHDF2、HRSP12或POP1时,cFAM210A被显著上调。此外,敲低YTHDF2导致cFAM210A的半衰期显著增加,并且这种增加被HBx过表达逆转。以上结果表明,HBx可以在m6A位点50促进cFAM210A的m6A修饰,m6A修饰的cFAM210A可以通过YTHDF2-HRSP12-RNase P/MRP途径降解。
Fig3. HBx通过增加cFAM210A的m6A水平来促进其降解
据报道,m6A甲基转移酶,如CBLL1(HAKAI)、KIAA1429(VIRMA)、METTL3、METTL14、METTL16(METT10D)、RBM15、RBM15B、WTAP和ZC3H13,可以增加RNA的m6A水平,而m6A去甲基化酶(ALKBH5和FTO)可以降低RNA的m6A水平。研究人员通过qRT‒PCR和Western blot分析发现,在HCC细胞系中HBx过表达后,RBM15(而不是其他甲基转移酶或去甲基化酶)显著上调。双荧光素酶报告基因实验进一步证实了HBx的过表达促进了RBM15的转录。此外,敲低RBM15后,cFAM210A的m6A水平和表达水平均显著降低。重要的是,通过同时过表达HBx可消除这种效应。以上结果表明,HBx可以通过转录诱导促进RBM15的表达,从而提高cFAM210A的m6A水平。
Fig4. HBx通过促进RBM15的表达来增加cFAM210A的m6A水平
接着,为了探索cFAM210A在HCC中的生物学功能,研究人员在HCC细胞系中过表达cFAM210A。结果发现,强制表达cFAM210A显著降低了HCC细胞的增殖能力,抑制了HCC细胞的干性和致瘤性。此外,cFAM210A过表达后,有5个HCC肿瘤干细胞(CSCs)标志物(CD13、CD24、CD90、CD133和EPCAM)下调。
Fig5. 过表达cFAM210A抑制HCC细胞的增殖、干性和致瘤性
缺失性实验显示,敲低cFAM210A可促进HCC细胞的增殖能力,并增强了HCC细胞的干性和致瘤性。此外,在沉默cFAM210A后,HCC中检测到的7个CSCs标志物(CD13、CD24、CD44、CD90、CD133、EPCAM和ALDH1A1)均上调。综上所述,这些发现表明cFAM210A在体外和体内均能抑制HCC细胞的增殖、干性和致瘤性。
Fig6. 敲低cFAM210A可促进HCC细胞的增殖、干性和致瘤性
最后,为了探索cFAM210A在HCC肿瘤发生中的作用机制,研究人员进行了RIP-qPCR、RNA pull-down、qRT‒PCR、Western blot、双荧光素酶报告基因实验、FISH、免疫荧光等一系列实验。结果发现,感染HBV后,HBx通过促进RBM15(一种m6A甲基转移酶)的表达来增加 cFAM210A的m6A水平,从而通过YTHDF2-HRSP12-RNase P/MRP途径诱导cFAM210A的降解。此外,cFAM210A通过与YBX1结合并抑制其磷酸化,从而抑制YBX1反式激活MET的功能,最终抑制HCC肿瘤的发生。
Fig7. 作用机制示意图
总之,本研究鉴定了一组差异表达的circRNAs,其中cFAM210A(源自FAM210A基因转录本NM_001098801的第三个外显子的环状RNA;hg19, chr18:13681604-13682104;circBase ID:hsa_circ_0003979)的表达下降最为明显。此外,cFAM210A下调被证实可促进临床样本中HBV相关的肝癌发生,并促进HCC细胞的干性和致瘤性。机制上,HBx可以增加cFAM210A的m6A修饰,并促进其识别和降解。使用circRNA pull-down和RNA免疫沉淀(RIP)发现,cFAM210A可以与YBX1蛋白结合,从而抑制其反式激活功能。综上所述,本研究提示了circRNA在HBx诱导的肝癌生成中的重要作用,暗示cFAM210A是预防和治疗HBV相关HCC的潜在靶点。
原文链接:
https://www.nature.com/articles/s12276-023-01108-8#Sec16
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