01

NAT10依赖性N4-乙酰胞苷修饰介导PAN RNA稳定性、KSHV再激活和 IFI16相关炎症小体活化

 

发表期刊：Nat Commun

影响因子：16.6

发表时间：2023年10月10日

 

N-乙酰转移酶10（NAT10）是一种N4-乙酰胞苷（ac4C）writer，可在tRNAs、rRNAs和mRNAs上催化胞苷N4位置的RNA乙酰化。最近，据报道NAT10和相关的ac4C可以提高HIV-1转录本的稳定性。本研究发现NAT10催化ac4C添加到多腺苷酸化核RNA（PAN）中，PAN是一种由致癌DNA病毒卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）编码的长链非编码RNA，从潜伏期触发病毒溶解物再激活。在KSHV感染的情况下，PAN RNA中ac4C位点的诱变消除了PAN ac4C修饰，下调了病毒裂解基因的表达并减少了病毒粒子的产生。NAT10敲低或诱变可消除PAN RNA的ac4C修饰，增加其不稳定性，并阻止KSHV重新激活。此外，PAN ac4C修饰促进NAT10募集IFN-γ诱导蛋白-16（IFI16）mRNA，导致其ac4C乙酰化，mRNA稳定性和翻译，并最终激活炎症小体。这些结果揭示了病毒和宿主ac4C修饰以及相关复合物作为KSHV复制和抗病毒免疫的关键开关的新机制。

 

Fig1. NAT10依赖性ac4C修饰在KSHV再激活和炎症小体诱导中的模型示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37816771/

 

02

LncRNADisease v3.0：长链非编码RNA相关疾病数据库更新

 

发表期刊：Nucleic Acids Res

影响因子：14.9

发表时间：2023年10月11日

 

lncRNA与疾病关联的系统整合对于进一步了解其潜在的分子机制和探索基于lncRNA的生物标志物和治疗方法具有重要意义。长链非编码RNA相关疾病数据库（LncRNADisease）就是为此而设计的。本研究提供了一个更新版本（LncRNADisease v3.0），从新兴文献中整理了全面的lncRNA（包括circRNA）和疾病关联。与上一版本相比，LncRNADisease v3.0 的实验支持关联增加了2倍以上，共有25440个条目。此外，每个lncRNA-疾病对都根据实验证据分配了一个置信度评分。另外，lncRNAs/circRNAs与疾病之间的所有关联分为一般关联和因果关联，代表lncRNAs或circRNAs是否可以直接导致相应疾病的发展或进展，分别有15721条和9719条。在案例研究中，研究人员使用LncRNADisease v3.0的数据来计算人和小鼠lncRNAs之间的表型相似性。该数据库将继续作为与lncRNA和circRNA相关的潜在临床应用的宝贵资源。LncRNADisease v3.0可在http://www.rnanut.net/lncrnadisease免费获得。

 

Fig2. LncRNADisease v3.0概述

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37819033/

 

 

03

LILAR是一种新型长链非编码RNA，通过竞争性内源性RNA机制调节内毒素血症小鼠肝脏组织的自噬

 

发表期刊：MedComm

影响因子：9.9

发表时间：2023年10月10日

 

脓毒症是一种经常致命的感染并发症，可导致多器官衰竭。先前的研究表明，自噬对脓毒症的肝损伤具有保护作用。本研究报道了一种新型的长链非编码RNA（lncRNA），称为脂多糖（LPS）诱导的肝自噬调节因子（LILAR），其在内毒素血症小鼠的肝脏组织中被高度诱导。LILAR缺乏显著增加了小鼠对LPS的易感性。相比之下，LILAR过表达挽救了LILAR缺乏介导的肝损伤，提高了LILAR敲除内毒素血症小鼠的存活率。自噬相关蛋白13（Atg13）是LILAR的潜在下游靶基因。LILAR缺乏显著降低Atg13表达并抑制LPS刺激小鼠肝脏中的自噬。报告基因检测显示，LILAR竞争性吸附miR-705以增加培养细胞中Atg13的表达，表明LILAR通过竞争性内源性RNA机制参与了内毒素血症小鼠肝组织中自噬的调节。综上所述，本研究鉴定出一种新的lncRNA LILAR作为肝自噬调节因子，它不仅促进了我们对肝脏病理生理学的理解，而且还为内毒素血症肝损伤提供了潜在的治疗靶点和/或诊断生物标志物。

 

Fig3. LILAR调节内毒素血症小鼠肝组织中自噬的工作模型

 

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mco2.398

 

04

ITPR1-AS1通过促进P21HRAS剪接和稳定DDX3X来激活cRaf-MEK-ERK级联，从而促进小细胞肺癌转移

 

发表期刊：Cancer Lett

影响因子：9.7

发表时间：2023年10月9日

 

长链非编码RNAs（lncRNAs）参与小细胞肺癌（SCLC）转移的机制在很大程度上仍然未知。本研究发现lncRNA ITPR1-AS1在SCLC和淋巴结转移组织中上调，并与SCLC恶性特征呈正相关。ITPR1-AS1在SCLC中的过表达是SCLC患者总生存期的独立危险因素。实验数据证实，ITPR1-AS1在体外和体内诱导SCLC细胞转移。机制上，ITPR1-AS1充当一个支架，以增强SRC有丝分裂相关蛋白68 kDa与异质核核糖核蛋白A1之间的相互作用，从而促进H-Ras原癌基因（HRAS）pre-mRNA（P21HRAS）的可变剪接。此外，ITPR1-AS1可以与DEAD-box多肽3（DDX3X）在复合物中结合并保持其稳定性，从而抑制后者的泛素化和降解。本研究数据提供了证据，表明ITPR1-AS1通过上调P21HRAS的产生和稳定DDX3X来激活cRaf-MEK-ERK级联反应，以促进SCLC转移。

 

Fig4. ITPR1-AS1介导SCLC转移的机制模型示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37820992/

 

05

冷诱导的lncRNA266促进白色脂肪组织的褐变和产热程序

 

发表期刊：EMBO Rep

影响因子：7.7

发表时间：2023年10月12日

 

寒冷诱导的非颤抖产热有助于改善由肥胖引起的几种代谢综合征。几种长链非编码RNAs（lncRNAs）已被证明在棕色脂肪生物发生和产热中发挥作用。本研究表明lncRNA lnc266是由腹股沟白色脂肪组织（iWAT）的冷暴露诱导的。体外功能研究表明，lnc266促进棕色脂肪细胞分化和产热基因表达。在室温下，lnc266对白色脂肪褐变和全身能量消耗没有影响。然而，在寒冷的环境中，lnc266促进肥胖小鼠的白色脂肪褐变和产热基因表达。此外，lnc266可提高核心体温并减少体重增加。机制上，lnc266不直接调节Ucp1的表达。相反，lnc266充当miR-16-1-3p海绵，从而消除了miR-16-1-3p对Ucp1表达的抑制。结果，lnc266促进前脂肪细胞向棕色样脂肪细胞分化，并刺激产热基因表达。总体而言，lnc266是iWAT中的冷诱导lncRNA，在白色脂肪褐变和产热程序中起关键作用。

 

Fig5. 研究模型示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37824433/