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PNAS丨circRNA-YBX1相分离介导的细胞骨架重塑抑制肝癌转移
人阅读 发布时间:2023-07-21 10:18
肝癌是全球癌症相关死亡的第四大原因,而肝细胞癌(HCC)占原发性肝癌的大多数。尽管有全面的治疗方案,但晚期HCC患者的预后仍然很差。早期肝内转移,尤其是微转移,是HCC治疗和预后改善的巨大挑战。对HCC进展机制的深入了解可能是药物开发的关键。
细胞迁移是肿瘤转移的重要步骤,特别是从上皮细胞转移的肿瘤。在这个过程中,细胞骨架的重组和重塑是必不可少的。哺乳动物细胞骨架是最复杂和功能最多样的结构之一,参与了迁移、粘附、对外力的反应和细胞形状的适应等过程。之前的研究表明,细胞外基质(ECM)的粘附与HCC转移密切相关。同时,肿瘤细胞的粘附已被证明是细胞骨架形成和下游信号激活的开始。此外,细胞骨架状态[如肌动蛋白丝(F-actin)、paxillin等]可能影响细胞与ECM之间的相互作用。在细胞骨架蛋白中,原肌球蛋白4(TPM4)是参与非肌肉细胞细胞骨架的肌动蛋白结合蛋白的成员,可为F-actin提供稳定性并调节其他actin结合蛋白。尽管TPM4在几种恶性肿瘤中被报道为癌蛋白,但其上游机制尚不清楚。
前体信使RNA(pre-mRNA)剪接是真核生物基因表达的基本过程。在这个过程中,可变剪接是塑造表达模式的主要机制,剪接调节因子,如异质核核糖核蛋白(hnRNPs)和富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子,调节前者。此外,许多共同协同调节因子也参与了这一过程。Y盒结合蛋白1(YBX1)是一种众所周知的RNA结合蛋白(RBP),它可以与hnRNPs一起形成功能复合物,并调节pre-mRNA剪接和mRNA衰变。YBX1是一种高度无序的蛋白质,中间有固定的结构,适合与RNA相互作用。有趣的是,固有无序被认为是蛋白质液-液相分离(LLPS)的关键特征。
活性LLPS介导无膜区室的形成,从而在时空上调节许多关键的细胞过程,包括pre-mRNA剪接。LLPS通常由弱和动态的多价相互作用驱动,与固有无序区域(IDR)和支架核酸分子相关。同时,非编码RNAs(ncRNAs),如NEAT1和SNHG9,可以与RBPs协调并以浓度或结构依赖性方式诱导LLPS。最近的一项研究还表明,环状RNA(circRNA)VAMP3驱动CAPRIN1的LLPS并促进细胞质中应激颗粒的形成。ncRNAs如何影响LLPS引起了研究人员的广泛关注。但是需要鉴定更多功能性的RNAs,以便绘制出整个画面。
circRNAs是共价闭合的单链RNAs,被证明是一种广泛存在的功能性RNA物种。根据其定位和与其他分子的相互作用,circRNAs调节转录和剪接,调节mRNA的稳定性和翻译,影响蛋白质的功能和代谢,甚至在不同生物学和病理生理条件下直接作为翻译模板。在癌症研究中,越来越多的证据表明circRNA在肿瘤发生和发展过程中发挥了相当大的作用。然而,在circRNA应用于临床环境之前,还有很长的路要走。
近日,邵逸夫医院蔡秀军/史亮团队,一作刘柏强在PNAS期刊(IF11.1)在线发表了一篇题为Cytoskeleton remodeling mediated by circRNA-YBX1 phase separation suppresses the metastasis of liver cancer的研究论文。本研究将核circASH2鉴定为一个转移抑制性circRNA,其诱导YBX1的LLPS,从而介导细胞骨架重塑以抑制HCC的进展,为未来肝癌的治疗提供了理论依据。
为了鉴定参与HCC转移的功能性circRNAs,研究人员对10个原发性HCC组织进行了circRNA微阵列分析,其中包括5个高侵袭性(HI)HCC组织和5个低侵袭性(LI)HCC组织。结果显示,在两组之间共检测到236个差异表达的circRNAs,其中226/10个circRNAs在HI HCC中显著上调/下调。此外,研究人员还分析了已发表的HCC circRNA微阵列数据集GEO、GSE78520和GSE97332,并选择了每个数据集中表达差异最显著的前250个circRNAs进行后续的联合分析。结果鉴定了一个circRNA circASH2 (hsa_circ_0006302)在肿瘤细胞变得更具侵袭性的同时,其表达下降,这意味着circASH2可能具有肿瘤抑制作用。随后,研究人员通过Sanger测序、RT-PCR等实验对circASH2进行了表征及验证。进一步的研究发现,circASH2在非转移性细胞系中(HepG2、Huh7)的表达水平相对高于转移性细胞系(HCCLM3、HA22T、SK-Hep1)。表明circASH2作为circRNA可能在HCC转移中起重要作用。
Fig1. 鉴定参与HCC转移的功能性circRNAs
为了验证circASH2在HCC中的功能,研究人员分析了其在临床样本中的表达。结果发现,与匹配的非肿瘤组织相比,circASH2在大多数HCC肿瘤组织中几乎检测不到,并且HI组织中的circASH2水平明显低于LI组织。此外,肿瘤中较低的circASH2表达与总生存期和无病生存期(DFS)缩短密切相关。表明circASH2在HCC中具有肿瘤抑制作用。进一步的研究发现circASH2的下调至少部分是由HCC中DHX9的过表达引起的。
Fig2. circASH2在HCC中具有转移抑制作用并受DHX9调节
随后,研究人员使用三种典型的HCC转移小鼠模型进行动物实验,以验证circASH2对肝癌的影响。在原位异种移植小鼠模型中,对照组的大多数小鼠在肝脏中出现多灶性病变,在circASH2组中受到明显抑制。并且与circASH2组相比,对照组的小鼠出现了更多的肺/胃肠道(GI)转移。在快速尾静脉注射模型中,circASH2组中只有1/8小鼠(12.5%)出现肺转移结节,而对照组所有8只小鼠(100.0%)都有肺或骨转移。此外,circASH2组表现出明显更好的预后,包括总生存率和转移率。在脾内注射模型中发现了一致的结果,circASH2组明显禁止肝转移,而脾脏原位肿瘤在大小上没有差异。以上结果强烈表明circASH2可以抑制HCC转移,包括肝内转移、血源性转移和移植。
Fig3. circASH2在体内抑制HCC转移
接下来,根据内源性circASH2水平,研究人员通过慢病毒过表达、siRNA敲低或ASO沉默来操纵四种HCC细胞系中的circASH2表达。结果发现,circASH2过表达显著促进了胰蛋白酶消化后的细胞脱附,而circASH2沉默使细胞对胰蛋白酶消化更具抵抗力。此外,circASH2能强烈抑制肿瘤细胞中的F-actin和paxillin,这意味着细胞骨架受损。进一步的研究发现,circASH2可以通过下调肿瘤细胞的侵袭能力来削弱肿瘤细胞,此外circASH2降低了HCC细胞的迁移。另外,由特异性ASOs触发的circASH2沉默也会损害细胞骨架组装,并对HCC细胞迁移表现出促进作用。
Fig4. circASH2损害HCC中的细胞骨架组装
最后,机制研究发现,circASH2受DHX9负调控,并将TPM4转录本与YBX1/hnRNPs复合物连接起来,从而促进前者的NMD(无义介导的mRNA衰变)。此外,circASH2促进核YBX1的LLP,并通过与hnRNPs组装复合物来靶向TPM4转录本。这种circRNA/YBX1/hnRNP复合物干扰了TPM4转录本的剪接,并导致其加速降解。最后,与TPM4相关的细胞骨架/肿瘤粘附途径抑制了HCC的进展。
Fig5. 机制模型示意图
总之,本研究鉴定了一种核circRNA circASH2,其在HCC组织中优先丢失,并通过改变肿瘤细胞骨架结构来抑制HCC转移。TPM4是肌动蛋白的关键结合蛋白,被证明是circASH2的主要靶标,并被转录后抑制。这种调控是基于mRNA/pre-mRNA剪接和降解过程。此外,由circASH2增强的核YBX1的液-液相分离增强了TPM4转录本的衰变。总之,本研究结果揭示了一种肿瘤抑制性circRNA,更重要的是,揭示了HCC进展的精细调节机制。
原文链接:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37459535/
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