01

miEAA 2023：更新，新的功能性microRNA集和改进的富集可视化

 

发表期刊：Nucleic Acids Res

影响因子：19.16

发表时间：2023年5月13日

 

MicroRNAs（miRNAs）是一类短链非编码RNAs，在调节多种生物学过程中起着关键作用。从miRNA列表中提取功能见解是具有挑战性的，因为每个miRNA都可能与数百个基因相互作用。为了应对这一挑战，研究人员开发了miEAA，这是一种基于直接和间接miRNA注释的灵活而全面的miRNA富集分析工具。新版本的miEAA包括一个包含19个miRNA资源库的数据仓库，涵盖10种不同的生物体和139399个功能类别。研究人员添加了有关miRNAs、isomiRs和高置信度miRNAs的细胞背景信息，以提高结果的准确性。还改进了聚合结果的表现形式，包括交互式翻转图，以帮助用户理解丰富术语或类别之间的交互作用。最后，研究人员展示了miEAA在衰老背景下的功能，并强调了仔细考虑miRNA输入列表的重要性。MiEAA可以免费使用，并可在https://www.ccb.uni-saarland.de/mieaa/上公开获取。

 

Fig1. miEAA新版本示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37177999/

 

02

miR-483-5p通过基底外侧杏仁核中Pgap2的突触靶向抑制来抵消雄性小鼠应激的功能和行为影响

 

发表期刊：Nat Commun

影响因子：17.69

发表时间：2023年5月11日

 

严重的心理创伤会引发杏仁核神经元的遗传、生化和形态变化，从而导致压力引起的行为异常的发展，例如高度焦虑。miRNAs是一种小的非编码RNA片段，通过同时转录/翻译抑制多个靶基因来协调复杂的神经元反应。本研究发现雄性小鼠杏仁核中的miR-483-5p抵消了压力的结构、功能和行为后果，从而促进了焦虑样行为的减少。应激时，miR-483-5p在杏仁核神经元的突触区室中上调，并直接抑制三个应激相关基因：Pgap2、Gpx3和Macf1。miR-483-5p的上调导致树突状藤架远端部分选择性收缩，并将未成熟的丝状伪足转化为成熟的蘑菇状树突棘。与其在减少应激反应中的作用一致，基底外侧杏仁核中miR-483-5p的上调可减少焦虑样行为。应激诱导的miR-483-5p的神经形态学和行为效应可以通过shRNA介导的Pgap2抑制来重现，并通过同时过表达miR-483-5p抵抗Pgap2来预防。本研究结果表明，miR-483-5p足以减少焦虑样行为，并指出miR-483-5p介导的Pgap2抑制是一种抵消心理压力的功能和行为后果的关键细胞事件。

 

Fig2. miR-483-5p在BLA中的表达通过下调Pgap2基因防止焦虑发生

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37185241/

 

03

线粒体miR-23b-5p是供体肝脏热缺血性损伤的新生物标志物，也是移植评估的候选物：实验研究

 

发表期刊：Int J Surg

影响因子：13.40

发表时间：2023年5月15日

 

背景和目的：热缺血性损伤（WII）源于不正确的能量代谢，是移植物功能障碍的主要原因。线粒体作为细胞代谢活动的中心，可能是确定准确的移植物质量评估指标的关键。本研究的重点是探索最佳的WII线粒体生物标志物的筛选、临床应用和机制。

 

方法和结果：使用100%肝脏热缺血小鼠模型，无再灌注，透射电子显微镜显示缺血15 min时肝线粒体形态发生明显变化。然而，在WII期间，所有13个mt-mRNAs在0-15-30-60 min均不能表现出连续上调的一致性。对纯化的线粒体和肝组织中miRNA表达的高通量分析表明，miR-23b-5p是一种潜在的线粒体microRNA（mitomiR）生物标志物，具有高灵敏度和0-15-30-60 min的变化一致性。荧光原位杂交和RT-qPCR进一步证实了这一结果。通过过表达和抑制，该mitomiR在WII期间的功能被鉴定为体外保护性调节因子，然后在Dicer1fl/flAlbCre小鼠中通过下调其他miRNA和补充成熟mitomiR-23b-5p进行验证。双荧光素酶报告基因实验和Seahorse XF分析仪确定了mitomiR-23b-5p通过沉默 mtRNR2 （16S）来降低线粒体呼吸功能。临床上，mitomiR-23b-5p与术后3 d血清ALT水平呈正相关（P=0.032），90 d移植物存活率C统计值为0.698。

 

结论：MitomiR-23b-5p具有保护性调节作用，并实现了WII尚未报道的特殊线粒体调控机制。本研究的临床结果进一步支持了MitomiR-23b-5p的表达与临床肝移植患者预后密切相关的实验结果。这是供体肝脏WII评估的一种很有前途的新生物标志物。

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37184476/

 

04

网络分析揭示了14q32簇miRNAs在决定IGHV突变和未突变CLL之间转录差异中的主要作用

 

发表期刊：Leukemia

影响因子：12.90

发表时间：2023年5月11日

 

慢性淋巴细胞白血病（CLL）细胞可以表达未突变（U-CLL）或突变（M-CLL）免疫球蛋白重链（IGHV）基因，具有不同的临床行为，可变的B细胞受体（BCR）信号传导能力和不同的转录谱。由于尚不清楚这些差异如何反映肿瘤细胞先天的生发前/生发后中心起源或其BCR信号传导能力，本研究对38例CLL病例进行了mRNA/miRNA测序，根据IGHV突变状态和BCR信号传导能力将其分为三个亚群。结果鉴定了492个mRNAs和38个miRNAs在U-CLL和M-CLL之间差异表达，但在M-CLL中只有9个mRNAs和0个miRNAs与BCR能力相关。在IGHV相关的miRNAs中，（14/38（37%））来自chr14q32簇，其中所有miRNAs都与来自癌症相关印迹位点的MEG3 lncRNA共表达。对miRNA/mRNA数据的综合分析揭示了14q32 miRNA的显著的调控潜力，可能占IGHV相关转录组特征的25%。GAB1是BCR信号传导的正调节因子，可能受到5个14q32 miRNAs的调节，研究人员证实其中两个miRNAs（miR-409-3p和miR-411-3p）显著抑制了GAB1 3'UTR的活性。本研究结果证明了14q32 miRNA位点在调节CLL相关基因调控中的潜在关键作用。

 

Fig3. 14q32 miRNA对U-CLL和M-CLL特征的潜在影响

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37169950/

 

05

MiR-431减弱APPswe/PS1dE9小鼠的突触可塑性和记忆缺陷

 

发表期刊：JCI Insight

影响因子：9.53

发表时间：2023年5月16日

 

突触可塑性障碍在阿尔茨海默病（AD）的发病机制中起着关键作用，新出现的证据表明，microRNAs（miRNAs）是AD突触功能障碍的替代生物标志物和治疗靶点。本研究发现miR-431在遗忘性轻度认知障碍（aMCI）和AD患者血浆中的水平下调。此外，其在APPswe/PS1dE9（APP/PS1）小鼠的海马体和血浆中均降低。慢病毒介导的miR-431在海马CA1中的过表达改善了APP/PS1小鼠的突触可塑性和记忆缺陷，而不影响Aβ水平。Smad4被确定为miR-431的靶标，Smad4敲低可调节包括SAP102在内的突触蛋白的表达，并防止APP/PS1小鼠的突触可塑性和记忆功能障碍。此外，Smad4过表达逆转了miR-431的保护作用，表明miR-431至少部分地通过抑制Smad4减轻了突触损伤。因此，这些结果表明miR-431/Smad4可能是AD治疗的潜在治疗靶点。

 

Fig4. MiR-431减弱APPswe/PS1dE9小鼠的突触可塑性和记忆缺陷模型示意图

 

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37192007/