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lncRNA研究进展盘点（20220624）
人阅读 发布时间：2022-06-24 09:35
Integrated lncRNA function upon genomic and epigenomic regulation
基因组和表观基因组调控中整合的lncRNA功能
发表期刊：Mol Cell
影响因子：17.970
发表时间：2022年6月16日
尽管一些长链非编码（lnc）RNAs早在20世纪50年代就已被发现，但在过去的25年中，已经发现了无数具有不同序列、结构和功能的lncRNAs。高通量和灵敏技术的出现进一步揭示了lncRNA-相互作用分子和lncRNAs表达模式的巨大异质性。我们为广泛的lncRNAs家族提出了一个统一的功能主题。在初级水平上，基因表达的基因组程序是通过典型转录和转录后mRNA组装、转换和翻译来引发的。在此调控的基础上，表观基因组程序通过修改染色质结构以及DNA和RNA化学来完善基本的基因组控制。叠加在基因组和表观基因组程序之上，lncRNAs创建了一个额外的调控维度：通过与调节细胞核和细胞质中基因表达的蛋白质和核酸相互作用，lncRNAs有助于建立强大、灵活和特异性的转录和转录后调控。本文描述了我们目前对lncRNA协调控制蛋白质程序和细胞命运的理解，并讨论了接下来25年lncRNA发现过程中面临的挑战和机遇。
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35714586/
Chitosan-Gelatin-EGCG Nanoparticle-Meditated LncRNA TMEM44-AS1 Silencing to Activate the P53 Signaling Pathway for the Synergistic Reversal of 5-FU Resistance in Gastric Cancer
壳聚糖-明胶-EGCG纳米颗粒介导的LncRNA TMEM44-AS1沉默激活P53信号通路协同逆转胃癌的5-FU耐药性
发表期刊：Adv Sci (Weinh)
影响因子：16.806
发表时间：2022年6月19日
化疗耐药是导致胃癌（GC）治疗失败的主要原因之一。最近的研究表明，lncRNAs在调节GC化学抗性中发挥着关键作用。纳米载体递送小干扰RNA（siRNA）以沉默癌症相关基因已成为癌症治疗研究的一种新方法。然而，寻找靶基因和开发能够选择性递送用于疾病治疗的siRNA的纳米系统仍然是一个挑战。本研究鉴定了一个与5-FU抗性相关的新型lncRNA TMEM44-AS1。TMEM44-AS1具有结合和充当miR-2355-5p海绵的能力，导致PPP1R13L表达上调和P53通路抑制。接下来，开发了一种名为壳聚糖-明胶-EGCG（CGE）的新型纳米载体，它具有比lipo2000更高的基因沉默效率，以帮助传递si-TMEM44-AS1可以有效地沉默TMEM44-AS1表达以协同逆转GC中的5-FU抗性，导致GC异种移植小鼠模型中的5-FU治疗效果显著增强。这些发现表明，TMEM44-AS1可以评估GC病例中的5-FU治疗结果，并且全身si-TMEM44-AS1递送联合5-FU治疗对复发性GC患者的治疗具有重要意义。
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35717675/
A long noncoding RNA promotes parasite differentiation in African trypanosomes
一种长链非编码RNA促进非洲锥虫的寄生虫分化
发表期刊：Sci Adv
影响因子：14.136
发表时间：2022年6月17日
寄生虫布氏锥虫（Trypanosoma brucei）会导致非洲昏睡病，如果不治疗，对患者来说是致命的。寄生虫从复制的细长形式分化为静止的矮胖形式可促进宿主存活和寄生虫传播。已知长链非编码RNAs（lncRNAs）可调节其他真核生物的细胞分化。为了确定lncRNAs是否也参与寄生虫分化，本研究使用RNA测序对T. brucei基因组进行了调查，鉴定出1428个以前未被鉴定的lncRNA基因。研究人员发现grumpy lncRNA是促进寄生虫分化为静止矮胖形态的关键调节因子。这个功能是由grumpy lncRNA中编码的小核仁RNA促进的。snoGRUMPY与至少两个矮胖的调控基因的信使RNA结合，促进它们的表达。grumpy过表达减少了受感染小鼠的寄生虫血症。本研究分析表明T. brucei lncRNAs调节寄生虫-宿主相互作用，并提供了一种grumpy调节锥虫细胞分化的机制。
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35704590/
Methodological considerations for circulating long noncoding RNA quantification
循环长非编码RNA定量的方法学考虑
发表期刊：Trends Mol Med
影响因子：11.951
发表时间：2022年6月11日
在过去十年中，大量资源投入到长链非编码RNA（lncRNA）研究中。尽管有可用的知识，但我们还远未将lncRNA纳入临床实践。本文强调了该领域的技术挑战，希望能引起回应，从而形成新的共识和指导方针。
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35701316/
A multifunctional locus controls motor neuron differentiation through short and long noncoding RNAs
一个多功能基因座通过短链和长链非编码RNAs控制运动神经元的分化
发表期刊：EMBO J
影响因子：11.598
发表时间：2022年6月13日
从分裂祖细胞到有丝分裂后运动神经元（MNs）的转变是由一系列事件协调完成的，这些事件主要通过分析特定编程转录因子的活性在转录水平上进行研究。本研究确定了在这种转变中含有lncRNA（lncMN2-203）和两个miRNAs（miR-325-3p和miR-384-5p）的MN特异性转录单位（MN2）的转录后作用。通过使用体外mESC分化和CRISPR/Cas9突变体的单细胞测序，本研究证明lncMN2-203通过海绵化miR-466i-5p和上调其靶标（包括参与神经元分化和功能的几个因子）来影响MN分化。同时，与lncMN2-203共同转录的miR-325-3p和miR-384-5p通过抑制增殖相关因子发挥作用。这些发现表明了MN2基因座的功能相关性，并举例说明了MN分化中额外的特异性调节层。
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35698802/
基因组和表观基因组调控中整合的lncRNA功能
发表期刊：Mol Cell
影响因子：17.970
发表时间：2022年6月16日
尽管一些长链非编码（lnc）RNAs早在20世纪50年代就已被发现，但在过去的25年中，已经发现了无数具有不同序列、结构和功能的lncRNAs。高通量和灵敏技术的出现进一步揭示了lncRNA-相互作用分子和lncRNAs表达模式的巨大异质性。我们为广泛的lncRNAs家族提出了一个统一的功能主题。在初级水平上，基因表达的基因组程序是通过典型转录和转录后mRNA组装、转换和翻译来引发的。在此调控的基础上，表观基因组程序通过修改染色质结构以及DNA和RNA化学来完善基本的基因组控制。叠加在基因组和表观基因组程序之上，lncRNAs创建了一个额外的调控维度：通过与调节细胞核和细胞质中基因表达的蛋白质和核酸相互作用，lncRNAs有助于建立强大、灵活和特异性的转录和转录后调控。本文描述了我们目前对lncRNA协调控制蛋白质程序和细胞命运的理解，并讨论了接下来25年lncRNA发现过程中面临的挑战和机遇。
Fig1. lncRNAs超基因组调控的概念总结
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35714586/
Chitosan-Gelatin-EGCG Nanoparticle-Meditated LncRNA TMEM44-AS1 Silencing to Activate the P53 Signaling Pathway for the Synergistic Reversal of 5-FU Resistance in Gastric Cancer
壳聚糖-明胶-EGCG纳米颗粒介导的LncRNA TMEM44-AS1沉默激活P53信号通路协同逆转胃癌的5-FU耐药性
发表期刊：Adv Sci (Weinh)
影响因子：16.806
发表时间：2022年6月19日
化疗耐药是导致胃癌（GC）治疗失败的主要原因之一。最近的研究表明，lncRNAs在调节GC化学抗性中发挥着关键作用。纳米载体递送小干扰RNA（siRNA）以沉默癌症相关基因已成为癌症治疗研究的一种新方法。然而，寻找靶基因和开发能够选择性递送用于疾病治疗的siRNA的纳米系统仍然是一个挑战。本研究鉴定了一个与5-FU抗性相关的新型lncRNA TMEM44-AS1。TMEM44-AS1具有结合和充当miR-2355-5p海绵的能力，导致PPP1R13L表达上调和P53通路抑制。接下来，开发了一种名为壳聚糖-明胶-EGCG（CGE）的新型纳米载体，它具有比lipo2000更高的基因沉默效率，以帮助传递si-TMEM44-AS1可以有效地沉默TMEM44-AS1表达以协同逆转GC中的5-FU抗性，导致GC异种移植小鼠模型中的5-FU治疗效果显著增强。这些发现表明，TMEM44-AS1可以评估GC病例中的5-FU治疗结果，并且全身si-TMEM44-AS1递送联合5-FU治疗对复发性GC患者的治疗具有重要意义。
Fig2. CGE/si-TMEM44-AS1复合物增加胃癌细胞对5-FU敏感性的作用机制示意图
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35717675/
A long noncoding RNA promotes parasite differentiation in African trypanosomes
一种长链非编码RNA促进非洲锥虫的寄生虫分化
发表期刊：Sci Adv
影响因子：14.136
发表时间：2022年6月17日
寄生虫布氏锥虫（Trypanosoma brucei）会导致非洲昏睡病，如果不治疗，对患者来说是致命的。寄生虫从复制的细长形式分化为静止的矮胖形式可促进宿主存活和寄生虫传播。已知长链非编码RNAs（lncRNAs）可调节其他真核生物的细胞分化。为了确定lncRNAs是否也参与寄生虫分化，本研究使用RNA测序对T. brucei基因组进行了调查，鉴定出1428个以前未被鉴定的lncRNA基因。研究人员发现grumpy lncRNA是促进寄生虫分化为静止矮胖形态的关键调节因子。这个功能是由grumpy lncRNA中编码的小核仁RNA促进的。snoGRUMPY与至少两个矮胖的调控基因的信使RNA结合，促进它们的表达。grumpy过表达减少了受感染小鼠的寄生虫血症。本研究分析表明T. brucei lncRNAs调节寄生虫-宿主相互作用，并提供了一种grumpy调节锥虫细胞分化的机制。
Fig3. grumpy过表达促进体内过早分化成矮胖的形式并延长小鼠的存活时间
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35704590/
Methodological considerations for circulating long noncoding RNA quantification
循环长非编码RNA定量的方法学考虑
发表期刊：Trends Mol Med
影响因子：11.951
发表时间：2022年6月11日
在过去十年中，大量资源投入到长链非编码RNA（lncRNA）研究中。尽管有可用的知识，但我们还远未将lncRNA纳入临床实践。本文强调了该领域的技术挑战，希望能引起回应，从而形成新的共识和指导方针。
Fig4. 循环细胞游离长链非编码RNA（lncRNA）定量的考虑
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35701316/
A multifunctional locus controls motor neuron differentiation through short and long noncoding RNAs
一个多功能基因座通过短链和长链非编码RNAs控制运动神经元的分化
发表期刊：EMBO J
影响因子：11.598
发表时间：2022年6月13日
从分裂祖细胞到有丝分裂后运动神经元（MNs）的转变是由一系列事件协调完成的，这些事件主要通过分析特定编程转录因子的活性在转录水平上进行研究。本研究确定了在这种转变中含有lncRNA（lncMN2-203）和两个miRNAs（miR-325-3p和miR-384-5p）的MN特异性转录单位（MN2）的转录后作用。通过使用体外mESC分化和CRISPR/Cas9突变体的单细胞测序，本研究证明lncMN2-203通过海绵化miR-466i-5p和上调其靶标（包括参与神经元分化和功能的几个因子）来影响MN分化。同时，与lncMN2-203共同转录的miR-325-3p和miR-384-5p通过抑制增殖相关因子发挥作用。这些发现表明了MN2基因座的功能相关性，并举例说明了MN分化中额外的特异性调节层。
Fig5. 连接lncMN2-203、miR-466i-5p、mir-325-3p、miR-384-5p和MN分化的回路示意图
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35698802/
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