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miRNA新研究进展盘点(20220228)
人阅读 发布时间:2022-02-28 11:37
Liquid biopsy: Exosomal microRNAs as novel diagnostic and prognostic biomarkers in cancer
液体活检:外泌体microRNAs作为癌症的新型诊断和预后生物标志物
发表期刊:Mol Cancer
影响因子:27.401
发表时间:2022年2月16日
背景:在临床表现之前及早发现癌症可能是降低癌症死亡率的有效策略。因此,鉴定高效的液体活检生物标志物可能是一种有前途的无创癌症诊断方法。
正文:液体活检越来越多地被用作活检的补充,因为它可以在临床和影像学确诊前几个月检测到疾病进展。许多体液含有外泌体microRNAs(miRNAs),由于外泌体中miRNAs的稳定性,可以为早期和微创癌症诊断提供一类新的生物标志物。在这篇综述中,作者主要关注外泌体miRNAs(液体活检)作为各种癌症诊断和预后的生物标志物。
结论:外泌体miRNAs可用作诊断和预后生物标志物,为各种恶性肿瘤的进展和治疗反应提供独特的见解和更动态的视角。因此,开发利用外泌体miRNAs的新的和更灵敏的技术应该是癌症管理的优先事项。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35172817/
Depth normalization of small RNA sequencing: using data and biology to select a suitable method
小RNA测序的深度归一化:利用数据和生物学选择合适的方法
发表期刊:Nucleic Acids Res
影响因子:16.971
发表时间:2022年2月21日
深度测序已成为生物医学研究中十分流行的转录组分析工具之一。虽然存在大量用于“标准化”测序数据的计算方法,以消除由于实验处理而导致的不必要的样本间变化,但对于哪种标准化最适合给定数据集,目前尚无共识。为了解决这个问题,本研究开发了“DANA”,一种基于生物学驱动和数据驱动的指标用以评估microRNA测序数据标准化方法性能的方法。该方法利用众所周知的microRNAs生物学特征,对其表达模式和染色体聚类进行同时评估(i)标准化如何有效地去除处理伪影以及(ii)标准化如何恰当地保留生物信号。通过DANA,本研究确认了八种常用归一化方法在不同数据集之间的性能差异很大,并为给手头的数据选择合适的方法提供了指导。因此,应该将其作为microRNA测序数据分析的常规预处理步骤(归一化之前)。DANA是在R中实现并可在https://github.com/LXQin/DANA上公开获得。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35188574/
EBV miRNAs BART11 and BART17-3p promote immune escape through the enhancer-mediated transcription of PD-L1
EBV miRNAs BART11和BART17-3p通过增强子介导的PD-L1转录促进免疫逃逸
发表期刊:Nat Commun
影响因子:14.913
发表时间:2022年2月14日
据报道,爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)是最早发现的人类肿瘤病毒,与鼻咽癌(NPC)、胃癌(GC)及多种淋巴瘤的发生发展密切相关。PD-L1在EBV阳性NPC和GC组织中表达升高;然而,EBV依赖性促进PD-L1表达以诱导免疫逃逸的具体机制仍有待阐明。EBV编码44个成熟的miRNAs。本研究发现EBV-miR-BART11和EBV-miR-BART17-3p在EBV相关NPC和GC中上调PD-L1的表达。此外,EBV-miR-BART11靶向FOXP1,EBV-miR-BART17-3p靶向PBRM1,FOXP1和PBRM1与PD-L1的增强子区域结合以抑制其表达。因此,EBV-miR-BART11和EBV-miR-BART17-3p分别抑制FOXP1和PBRM1,并增强PD-L1的转录(CD274,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/29126 ),从而促进肿瘤免疫逃逸,这为EBV相关肿瘤免疫治疗的潜在靶点提供了见解。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35165282/
Brain-Penetration and Neuron-Targeting DNA Nanoflowers Co-Delivering miR-124 and Rutin for Synergistic Therapy of Alzheimer's Disease
脑穿透和神经元靶向的DNA纳米花共同递送miR-124和芦丁以协同治疗阿尔茨海默病
发表期刊:Small
影响因子:13.281
发表时间:2022年2月19日
阿尔茨海默病(AD)是影响数百万老年人痴呆症的主要原因。尽管在对AD病理生物学的理解方面取得了重大进展,但尚无改善疾病的治疗方法。MicroRNA-124(miR-124)是正常脑中最丰富的miRNA,具有改善AD样病理的强大功效,而在AD脑中则是缺失的。本研究开发了一种基于DNA纳米花(DFs)的递送系统,以实现外源性补充miR-124用于AD治疗。制备尺寸和形态可控的DFs,并通过杂交连接miR-124嵌合体。用RVG29肽进一步修饰DFs,以同时实现血脑屏障(BBB)穿透和神经元靶向。同时,芦丁作为一种小分子辅助药物,通过嵌入双链DNA区域,共同装载到DFs结构中。有趣的是,芦丁可以协同miR-124抑制BACE1和APP的表达,从而实现对β淀粉样蛋白生成的强烈抑制。该纳米系统可以延长miR-124在体内的循环,促进其BBB渗透和神经元靶向,导致APP/PS1小鼠海马中miR-124的显著增加和体内强大的治疗效果。这种生物源性治疗系统显示出作为一种用于AD治疗的生物相容性纳米药物的前景。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35182016/
miR-137 and miR-122, two outer subventricular zone non-coding RNAs, regulate basal progenitor expansion and neuronal differentiation
两个外脑室下区非编码RNAs miR-137和miR-122调节基底祖细胞扩张和神经元分化
发表期刊:Cell Rep
影响因子:9.423
发表时间:2022年2月15日
灵长类动物大脑皮质扩张依赖于生发区在长期发育期间的扩大。尽管大多数哺乳动物有两个皮质生发区,即脑室区(VZ)和脑室下区(SVZ),但多脑回物种有一个额外的生发区,即外脑室下区(oSVZ),这增加了皮质生成过程中产生的神经元的数量和多样性。oSVZ如何在进化过程中出现的还尚不清楚,但最近的研究表明非编码RNAs的作用,允许在发育过程中进行严格的遗传程序调节。本研究使用体内功能遗传学、单细胞RNA测序、体内成像和电生理学来评估小鼠的祖细胞和神经元特性,鉴定了两种oSVZ表达的microRNAs(miRNAs),miR-137和miR-122,它们调节皮质扩张的关键细胞特征。miR-137促进基底祖细胞自我复制和表层神经元命运,而miR-122降低神经元分化的速度。这些发现支持miRNA介导的基因表达在皮质扩张中的细胞类型特异性作用。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35172154/
液体活检:外泌体microRNAs作为癌症的新型诊断和预后生物标志物
发表期刊:Mol Cancer
影响因子:27.401
发表时间:2022年2月16日
背景:在临床表现之前及早发现癌症可能是降低癌症死亡率的有效策略。因此,鉴定高效的液体活检生物标志物可能是一种有前途的无创癌症诊断方法。
正文:液体活检越来越多地被用作活检的补充,因为它可以在临床和影像学确诊前几个月检测到疾病进展。许多体液含有外泌体microRNAs(miRNAs),由于外泌体中miRNAs的稳定性,可以为早期和微创癌症诊断提供一类新的生物标志物。在这篇综述中,作者主要关注外泌体miRNAs(液体活检)作为各种癌症诊断和预后的生物标志物。
结论:外泌体miRNAs可用作诊断和预后生物标志物,为各种恶性肿瘤的进展和治疗反应提供独特的见解和更动态的视角。因此,开发利用外泌体miRNAs的新的和更灵敏的技术应该是癌症管理的优先事项。
Fig1. miRNAs进入外泌体的分选机制
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35172817/
Depth normalization of small RNA sequencing: using data and biology to select a suitable method
小RNA测序的深度归一化:利用数据和生物学选择合适的方法
发表期刊:Nucleic Acids Res
影响因子:16.971
发表时间:2022年2月21日
深度测序已成为生物医学研究中十分流行的转录组分析工具之一。虽然存在大量用于“标准化”测序数据的计算方法,以消除由于实验处理而导致的不必要的样本间变化,但对于哪种标准化最适合给定数据集,目前尚无共识。为了解决这个问题,本研究开发了“DANA”,一种基于生物学驱动和数据驱动的指标用以评估microRNA测序数据标准化方法性能的方法。该方法利用众所周知的microRNAs生物学特征,对其表达模式和染色体聚类进行同时评估(i)标准化如何有效地去除处理伪影以及(ii)标准化如何恰当地保留生物信号。通过DANA,本研究确认了八种常用归一化方法在不同数据集之间的性能差异很大,并为给手头的数据选择合适的方法提供了指导。因此,应该将其作为microRNA测序数据分析的常规预处理步骤(归一化之前)。DANA是在R中实现并可在https://github.com/LXQin/DANA上公开获得。
Fig2. TCGA-BRCA和TCGA-UCS联合数据的归一化评估
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35188574/
EBV miRNAs BART11 and BART17-3p promote immune escape through the enhancer-mediated transcription of PD-L1
EBV miRNAs BART11和BART17-3p通过增强子介导的PD-L1转录促进免疫逃逸
发表期刊:Nat Commun
影响因子:14.913
发表时间:2022年2月14日
据报道,爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)是最早发现的人类肿瘤病毒,与鼻咽癌(NPC)、胃癌(GC)及多种淋巴瘤的发生发展密切相关。PD-L1在EBV阳性NPC和GC组织中表达升高;然而,EBV依赖性促进PD-L1表达以诱导免疫逃逸的具体机制仍有待阐明。EBV编码44个成熟的miRNAs。本研究发现EBV-miR-BART11和EBV-miR-BART17-3p在EBV相关NPC和GC中上调PD-L1的表达。此外,EBV-miR-BART11靶向FOXP1,EBV-miR-BART17-3p靶向PBRM1,FOXP1和PBRM1与PD-L1的增强子区域结合以抑制其表达。因此,EBV-miR-BART11和EBV-miR-BART17-3p分别抑制FOXP1和PBRM1,并增强PD-L1的转录(CD274,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/29126 ),从而促进肿瘤免疫逃逸,这为EBV相关肿瘤免疫治疗的潜在靶点提供了见解。
Fig3. EBV-miR-BART11、EBV-miR-BART17-3p激活PD-L1促进肿瘤免疫逃逸的机制
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35165282/
Brain-Penetration and Neuron-Targeting DNA Nanoflowers Co-Delivering miR-124 and Rutin for Synergistic Therapy of Alzheimer's Disease
脑穿透和神经元靶向的DNA纳米花共同递送miR-124和芦丁以协同治疗阿尔茨海默病
发表期刊:Small
影响因子:13.281
发表时间:2022年2月19日
阿尔茨海默病(AD)是影响数百万老年人痴呆症的主要原因。尽管在对AD病理生物学的理解方面取得了重大进展,但尚无改善疾病的治疗方法。MicroRNA-124(miR-124)是正常脑中最丰富的miRNA,具有改善AD样病理的强大功效,而在AD脑中则是缺失的。本研究开发了一种基于DNA纳米花(DFs)的递送系统,以实现外源性补充miR-124用于AD治疗。制备尺寸和形态可控的DFs,并通过杂交连接miR-124嵌合体。用RVG29肽进一步修饰DFs,以同时实现血脑屏障(BBB)穿透和神经元靶向。同时,芦丁作为一种小分子辅助药物,通过嵌入双链DNA区域,共同装载到DFs结构中。有趣的是,芦丁可以协同miR-124抑制BACE1和APP的表达,从而实现对β淀粉样蛋白生成的强烈抑制。该纳米系统可以延长miR-124在体内的循环,促进其BBB渗透和神经元靶向,导致APP/PS1小鼠海马中miR-124的显著增加和体内强大的治疗效果。这种生物源性治疗系统显示出作为一种用于AD治疗的生物相容性纳米药物的前景。
Fig4. Rutin@DF-miR-124/RVG29(RDMR)纳米系统的制备及其在AD治疗中的应用示意图
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35182016/
miR-137 and miR-122, two outer subventricular zone non-coding RNAs, regulate basal progenitor expansion and neuronal differentiation
两个外脑室下区非编码RNAs miR-137和miR-122调节基底祖细胞扩张和神经元分化
发表期刊:Cell Rep
影响因子:9.423
发表时间:2022年2月15日
灵长类动物大脑皮质扩张依赖于生发区在长期发育期间的扩大。尽管大多数哺乳动物有两个皮质生发区,即脑室区(VZ)和脑室下区(SVZ),但多脑回物种有一个额外的生发区,即外脑室下区(oSVZ),这增加了皮质生成过程中产生的神经元的数量和多样性。oSVZ如何在进化过程中出现的还尚不清楚,但最近的研究表明非编码RNAs的作用,允许在发育过程中进行严格的遗传程序调节。本研究使用体内功能遗传学、单细胞RNA测序、体内成像和电生理学来评估小鼠的祖细胞和神经元特性,鉴定了两种oSVZ表达的microRNAs(miRNAs),miR-137和miR-122,它们调节皮质扩张的关键细胞特征。miR-137促进基底祖细胞自我复制和表层神经元命运,而miR-122降低神经元分化的速度。这些发现支持miRNA介导的基因表达在皮质扩张中的细胞类型特异性作用。
Fig5. miR-137和miR-122调节基底祖细胞扩张和神经元分化的模型示意图
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35172154/