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锐博生物总部位于广州市黄埔区广州开发区,是一家以核酸技术为核心,为基因功能、细胞生物学及药物研究提供产品与技术服务,以一体化核酸药 CDMO 服务为主导,致力于让新一代核酸药从概念走向商业化的国家火炬计划重点高新技术企业,是中国核酸行业的领军企业之一,拥有国家级博士后科研工作站。公司立足于基础生命科学与医学研究,创始人由国家重大人才工程入选者和诺贝尔生理/医学奖获得者领衔,以国际化视野和技术平台实力,提供高品质的寡核酸 Oligo 合成修饰、CRISPR-Cas9、RNAi、非编码 RNA、细胞分析、外泌体提取、DNA 提取、PCR 扩增、qRT-PCR 试剂盒及引物等,提供高内涵细胞成像及筛选、载体构建、动物实验、高通量测序、生信分析、RNA 体外转录、外泌体检测、qPCR 检测等技术服务,提供闻名业界的核酸药 GMP 生产 CDMO 服务。通过跨学科、多平台、上下游贯通的综合技术优势,赢得了国内外客户的信赖和赞誉。公司申请专利71项,其中已授权专利 21 项。“锐博生物RiboBio”是中国高品质核酸产品代名词之一,为国内外超过 5000 家机构提供产品或服务,客户 SCI 文章累计超过 25,000 多篇,合作客户包括诺贝尔奖得主实验室、知名科研机构和全球制药公司,锐博生物是亚洲知名的寡核酸原料药生产企业之一,2016年获得中国药监局颁发的寡核酸原料药生产许可证,现已跻身于全球核酸药 CDMO 的知名企业行列。锐博生物建立了与国际接轨的大规模cGMP生产基地,正在打造国际领先的大规模寡核酸 CMO 基地。锐博生物推动国内外核酸科学与技术的交流与合作,连续多年承办代表行业风向标的中国核酸国际论坛(CNAF)和非编码RNA与表观遗传学研究交流会,获批建立国家级博士后科研工作站,承担多项国家及省市重点科研项目。锐博生物致力于提供国际一流的核酸产品与服务,构建国际一流的合作平台与伙伴关系,培养国际一流的智慧型创新人才,为不断满足未来生命科学与医学研究及转化的需求而贡献力量。公司秉承“以创新求发展,以品质铸未来,以诚信待客户”的发展理念,追求“创新永不停”!
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利用RBP siRNA文库筛选环状RNA调控蛋白

人阅读 发布时间:2015-04-02 17:36

       环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。近年研究发现,circRNA会参与到多类生物学过程中,具有重要的调控功能,研究意义巨大。3月12日发布的Cell报道了南澳大利亚大学研究者关于circRNA调控相关RNA结合蛋白及其对EMT影响的研究结果。
     本项研究中,研究者选择人乳腺上皮细胞(human mammary epithelial cell,HMLE)作为研究对象,当使用TGF-β处理HMLE,该类型细胞会出现明显的间质化,成为mesHMLE(mesenchymal human mammary epithelial cell with typical morphology and marker expression)。利用RNA-Seq,研究者在HMLE和mesHMLE的整个转录组中分别发现了5178个和8084个circRNA,其中有 3417个是共有的。两类细胞中,来源于无差异高丰度转录本(FPKM>1,mesHMLE中丰度提高不到25%)的circRNA占这部分转录本 的比例与所有circRNA占整个转录组的比例是基本一致的,而两种细胞共有的circRNA也与其同源的mRNA表现出负相关关系,另外,其他分析表 明,circRNA增加也并非是由于TGF-β处理后细胞增殖速度加快,这些结果可以证明mesHMLE中circRNA的增加时由于转录后调控所产生, 并非由于circRNA所对应的pre-mRNA转录水平增加。

  全转录组circRNA分布与无差异高丰度转录本组circRNA分布对比

  pre-mRNA产生的circRNA和同源线性RNA丰度变化对比

  基于以上实验与分析结果,研究者认为EMT过程中circRNA调控机 制是独立的,并推测可能有某些蛋白因子与此过程有关。为此,研究者针对一些相关的RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)构建了一个siRNA文库,同时构建了一个双荧光素酶报告基因,在HEK293T细胞中进行siRNA文库筛选。当该荧光素酶报 告基因所产生的pre-mRNA被剪切成circRNA时,会产生绿色荧光,当pre-mRNA被剪切成线性RNA时,则产生红色荧光。通过评估两种荧光 颜色比例,可筛选出circRNA形成关键蛋白,再配合蛋白敲除后的RNA-Seq结果,最终发现,当QKI蛋白被敲除时,该比例下降最多,该蛋白即为筛 选结果。RIP-Seq结果也表明QKI是直接结合到pre-mRNA上,其结合位点(QKI response elements,QRE)通常位于环状RNA切割位点外侧。
 

  双荧光素酶报告基因设计图及原理

mesHMLE细胞中RBP siRNA筛选结果


研究结果示意图​

    对于TGF-β所引起的EMT过程中QKI诱导产生的circRNA的功能,研究者没有在这些circRNA发现连续出现的miRNA结合位点, 他们认为这些circRNA并不是以miRNA海绵的形式发挥功能,circRNA在EMT过程中可能是依靠其自身较长的半衰期有关,他们也将进一步对此 机制进行探索。

  本项研究利用RBP siRNA文库高通量筛选,发现了一个与circRNA产生相关的RBP,并对细胞EMT过程中circRNA的角色进行了初步探索。研究者希望进一步了解circRNA的功能,在未来能针对这种比较稳定的转录本开发出有效的癌症治疗手段。

  相关文献:Conn S J, Pillman K A, Toubia J, et al. The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs[J]. Cell, 2015, 160(6): 1125-1134.

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